В конце войны лётчик Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная мастерская японских военных. Сразу после захода солнца на базу обрушилось нечто чудовищное — гигантский древний ящер. Островитяне шептали его имя: Годзилла.
Коити удалось добраться до Токио, но город лежал в руинах. От родительского дома не осталось ничего. Сам он выжил, но чувствовал лишь пустоту. Вскоре его жизнь пересеклась с судьбой молодой женщины, скитавшейся с грудным ребёнком. Она подобрала младенца во время бомбёжки, потеряв при этом своих близких. Они стали держаться вместе, находя в этом шаткое утешение.
Годы спустя Коити устроился на опасную работу — очищал от морских мин воды Токийского залива. Работали на старом деревянном судне, ходили по бывшим фарватерам. Однажды в густом тумане из воды поднялась знакомая тень. Чудовище вернулось, но теперь оно было невообразимо огромным и излучало странное свечение. Говорили, что всему виной были новые испытания американцев где-то далеко в океане. Годзилла изменился — стал больше, страшнее и, казалось, полон ярости ко всему живому.